En el texto de la condena de 1270 aparecen con claridad las tesis combatidas a los averroístas (eternidad del mundo, del movimiento y del tiempo, la negación del alma inmortal humana, la negación del libre albedrío, afirmación de la providencia divina sobre la especie y no sobre el hombre individual, etc.). Pero en el texto de 1277 aparecen todas las ideas revueltas, sin orden, de forma confusa y mezclando doctrinas, autores, etc. La condena es un conglomerado de 219 tesis: unas son de Sto. Tomás, otras de Averroes, otras de los averroístas, otras de los avicenistas, otras extraídas de libros no filosóficos, etc. La condena de 1277 supuso una condena al intento de síntesis que santo Tomás realizó entre el cristianismo y la filosofía de Aristóteles. En esta polémica terminó triunfando la postura agustiniana (neoplatónica). Fue un duro descalabro para el intento de conciliar la razón y la filosofía con la fe. Desde ahora la fe y la razón son situadas en planos diferentes e irreconciliables. La filosofía y el cristianismo quedan situados como dos sistemas que no admiten síntesis alguna. Ockham atribuye a la Fe el mérito de creer en Dios, dejando la Razón para comprender lo que nos es más cercano. Preludia así una actitud semejante a la que tendrá Martín Lutero, el Reformador protestante.
Ockham niega la posibilidad de un conocimiento racional de Dios. Las pruebas de la existencia de Dios carecen de verdadero carácter demostrativo: no son sino argumentos probables. En efecto, las cinco vías tomistas no son realmente evidentes. Además, aun concediendo que se pudiera demostrar la existencia de un motor inmóvil, no es seguro que este motor sea único ni que coincida con Dios. Para Ockham, el entendimiento divino no aventaja a la voluntad, ni a la inversa, porque en él no hay realmente entendimiento ni voluntad: son sólo “nombres” que damos a la esencia divina partiendo de sus efectos: Querer (Voluntad) y Saber (Entendimiento) se identifican en Dios.
La crítica alcanza también a la concepción del alma. La intuición interna sólo nos da a conocer nuestros actos de conocimiento, voluntad, deseo..., pero no la sustancia misma del alma. Y no existen argumentos que demuestren la existencia de un alma sustancial, inmaterial e inmortal, ni la distinción de la inteligencia y la voluntad. En último término, dice Ockham, nada impediría pensar que el alma es corporal, o que es el cuerpo el que piensa.
La ética queda desvinculada de cualquier principio racional. Todos los preceptos morales penden de la pura voluntad divina. Un acto es malo simplemente porque Dios lo prohíbe, y bueno porque los prescribe. A esta doctrina se la llama “Voluntarismo moral” pues lo Bueno y lo Malo lo son porque Dios lo quiere y no al revés.
Ockham reduce de un modo notable los límites de la razón humana. Ello altera la relación entre la razón y la fe. Para Ockham sólo puede ser conocido aquello que puede ser experimentado o captado por los sentidos. Por tanto, Dios y todo lo que se refiere a la salvación eterna del ser humano son inaccesible sa la razón. Los artículos de la fe sólo pueden ser conocidos por revelación, y la teología pierde todo carácter científico. De este modo, los ámbitos de la razón y la fe quedan totalmente separados, y tampoco cabe colaboración mutua: la razón nada puede decir acerca de aquello que rebasa la experiencia.